Do analizy danych PEEM-owych najczęściej używany jest program ImageJ lub Fiji. 

Dokładna instrukcja użytkowania programu oraz niezbędne wtyczki opisane są na stronie: https://surfmoss.iqfr.csic.es/es/members/29-current-members/juan/46-tips-and-tricks. 

Obydwa programy są ogólnodostępne i bezpłatne. 

Innym programem jest program IgorPro z nakładkami przygotowanymi przez grupę Nanospectroscopy z synchrotronu Elletra. Aby używać programu IgorPro niezbędna jest licencja, dostępna pod aktywnym linkiem. 

Obecnie pracujemy nad nowym programem do analizy danych z mikroskopu PEEM oraz LEEM. Pierwsza wersja programu pyPEEM powinna być dostępna dla użytkowników z początkiem roku 2023. Więcej informacji na temat programu pod adresem pawel.nita@uj.edu.pl. 

Do analizy danych uzyskanych na stacji badawczej STXM używany jest program aXis2000. Jest to program ogólnodostępny, który pobrać można ze strony dostępnej po kliknięciu w aktywny link.