Oprogramowanie:
Producent mikroskopu, firma Bruker, dostarcza oprogramowanie OPUS służące przeprowadzenia pomiarów oraz wstępnej oceny widm. Możliwe jest również uruchomienie „macro” do sterowania mikroskopem. Oprogramowanie pozwala na zapisanie danych w formie interferogramów lub widm w różnych formatach pików: ENVI, tabela punktów danych, MATLAB 4 lub 5 i inne. Producent za darmo udostępnia program OPUS Viewer, za pomocą którego można otwierać pliki OPUS bez możliwości przetwarzania danych, jedynie ich podglądu.
Dane otrzymane z pomiarów mikroskopowych (mapowania lub obrazowania) mają charakter hiperspektralny, są to dane trójwymiarowe.
Propozycje programów do analizy danych:
- Program CytoSpec jest dedykowany do obrazowania wielowymiarowego danych spektroskopowych. Pozwala na obróbkę danych za pomocą metod statystycznych (chemometria) oraz uczenia maszynowego, wykorzystując informacje spektralne i przestrzenne. Jest to jeden z programów dedykowanych do obróbki trójwymiarowych, hiperspektralnych macierzy danych z eksperymentów z obrazowania w podczerwieni. Link do programu w aktywnym łączu.
- Darmowy program Quasar – kolekcja narzędzi do analizy danych spektroskopowych typu Open Source, rozszerzenie pakietu do uczenia maszynowego i wizualizacji danych Orange. Link: https://quasar.codes/.
- Programy dedykowane do wykonywania obliczeń naukowych (numerycznych) oraz wizualizacji danych np. MATLAB, GNU Octave.
Instrukcje:
Na miejscu dostępna jest drukowana instrukcja przeprowadzania pomiarów w różnych trybach przygotowana przez producenta w języku angielskim. W załączonych poniżej linkach pobrać można instrukcje przygotowane przez opiekunów linii z kolejnymi krokami pomiarów w trybie transmisji, transfleksji i ATR z użyciem detektora FPA i MCT.
- Instrukcja do pomiarów w trybach transmisji i refleksji z detektorami MCT i FPA - dostępna po kliknięciu w aktywne łącze.
- Instrukcja do pomiarów w trybie ATR z detektorami MCT i FPA - dostępna po kliknięciu w aktywne łącze.
Wykonywanie pomiarów:
Mikroskop s-SNOM/AFM-IR jest sterowany za pomocą oprogramowania dostarczonego przez producenta (program neaSCAN). Drukowana wersja instrukcji obsługi mikroskopu jest dostępna na miejscu.
Analiza danych:
Dane zbierane w trakcie pomiarów na mikroskopie s-SNOM/AFM-IR zapisywane są w formatach .gsf oraz .gwy dla pomiarów obrazowania oraz .txt dla pomiarów widm. Rekomendowanym programem do wizualizacji i analizy obrazów jest darmowy program Gwyddion. Instrukcja zawierająca informacje o dostępie do danych, strukturze pobranych plików oraz sugestie dotyczące przeglądania i analizy danych jest dostępna po kliknięciu w aktywne łącze.