Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Cryo-EM

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Instrukcje i oprogramowanie

Centrum edukacyjne Cryo-EM

Producent kriomikroskopów, firma Thermo Fisher Scientific, udostępnia platformę e-learningową Cryo-EM University dla chętnych do poszerzenia swojej wiedzy z zakresu mikroskopii elektronowej oraz kriomikroskopii. Użytkownik może zaznajomić się z podstawami technik badawczych, a od strony praktycznej poznać metody i rozwiązania związane z przygotowaniem próbek, zbieraniem danych i ich analizą.

Producent kriomikroskopów, firma Thermo Fisher Scientific, udostępnia platformę e-learningową Cryo-EM University ›

Wybrane oprogramowanie do analizy danych pojedynczych cząstek (SPA), kriotomografii elektronowej (cET) oraz dyfrakcji elektronowej na mikrokryształach (MicroED)

cryoSPARC (Cryo-EM Single Particle Ab-Initio Reconstruction and Classification) to kompleksowe oprogramowanie do określania struktury przestrzennej cząsteczek (np. białek, kwasów nukleinowych, wirusów) na podstawie analizy obrazów kriomikroskopowych. Oprogramowanie umożliwia analizę cząsteczek charakteryzujących się dużą elastycznością czy tworzących helikalne struktury, jak również analizę danych zebranych z wykorzystaniem płytki fazowej, czy próbek kontrastowanych negatywowo.
cryoSPARC dostępny jest bezpłatnie dla użytkowników akademickich/non-profit. Aplikacja jest systematycznie rozwijana i wspierana przez Structura Biotechnology Inc.
Relion (REgularised LIkelihood OptimisatioN) to pakiet oprogramowania służący do określania struktury przestrzennej pojedynczych cząstek (SPA) z analizy obrazów kriomikroskopowych. Relion jest rozwijany przez Sjorsa Scheresa i jego grupę w Laboratorium Biologii Molekularnej MRC, Cambridge, UK.
Relion jest rozpowszechniany na licencji GPLv2, co oznacza, że każdy (w tym użytkownicy komercyjni) może bezpłatnie pobierać, wykorzystywać i modyfikować kod oprogramowania Relion.
Warp umożliwia wstępne przetwarzanie obrazów kriomikroskopowych i ich wizualizację (np. odszumianie obrazów) jak również precyzyjne wyszukiwanie cząsteczek z wykorzystaniem algorytmów AI. Dane wyjściowe z oprogramowania Warp, np. wybrane cząsteczki, można zaimportować do programów umożliwiających dalszą analizę np. cryoSPARC, czy Relion.
WARP współpracuje z oprogramowaniem M, które pozwala na pracę z danymi tomograficznymi (serie kątowe).
Oprogramowanie jest rozwijane i udostępniane przez Dimitry’ego Tegunova i Patricka Cramera z Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Department of Molecular Biology, Getynga, Niemcy.
EMAN2 (Electron Micrograph ANalysis), półautomatyczny pakiet oprogramowania do rekonstrukcji gęstości pojedynczych cząstek z obrazów kriomikroskopowych. Pakiet oferuje również wsparcie dla kriotomografii elektronowej (cET) oraz narzędzia przydatne do rekonstrukcji helikalnych, krystalografii 2D i tomografii całych komórek.
Pakiety EMAN2, w tym GUI, są napisane w języku Python i są udostępnianie nieodpłatnie.
Oprogramowanie do wizualizacji, analizy i prezentacji struktury przestrzennej molekuł zapisanych w formacie plików uzyskanych z oprogramowania cryoSPARC lub Relion. Dostępna jest także starsza wersja oprogramowania pod nazwą Chimera, która może posłużyć m.in. do analizy wyników zadań 3D variability z cryoSPARC.
Oprogramowanie USCF ChimeraX jest rozwijane przez UCSF Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics, wspieranych częściowo przez National Institutes of Health i jest dostępne bezpłatnie na potrzeby badań akademickich.
PHENIX (Python-based Hierarchical ENvironment for Integrated Xtallography) to kompleksowy pakiet oprogramowania do określania struktury makrocząsteczek przy użyciu danych krystalograficznych (rentgenowskich, neutronowych i elektronowych) oraz kriomikroskopii elektronowej. Phenix posiada interfejs graficzny umożliwiający integrację z programami Coot i PyMOL.
Oprogramowanie PHENIX jest bezpłatne dla instytucji non-profit.
Coot (Crystallographic Object-Oriented Toolkit) to oprogramowanie służące do budowania i udokładniania modeli teoretycznych np. białek, RNA, DNA na podstawie zrekonstruowanej gęstości. Twórcą programu jest Paul Emsley. Coot można zintegrować z programem Phenix co umożliwia automatyczne importowanie wyników zadań tego drugiego.
PyMOL to popularny program do wizualizacji makromolekuł typu open source, napisany przez nieżyjącego już Warrena DeLano, a obecnie wspierany przez platformę Schrodingera.